Một phóng viên Anh đang sắp hoàn thành bài viết về Black Ops và Black Briar, đồng thời tiết lộ những người đứng sau chúng. Jason Bourne, một cựu chiến binh biết nhiều về Treadstone và Black Briar, đã giao thông tin cho Pamela Landy, người đã tiết lộ cho truyền thông. Khi những kẻ thù tìm hiểu về sự phơi bày này, họ quyết định triệt hạ tất cả các ops và tiêu diệt tất cả liên quan. Aaron Cross, một thành viên của op "Outcome", trốn thoát khi bị truy kích. Anh ta tìm đến Tiến sĩ Marta Shearing, vốn đã làm việc với anh ta trước đây, để tìm giải pháp khi anh ta đã hết thuốc. Trong hành trình, họ bị truy sát, nhưng anh ta kịp thời cứu cô gái và hiểu ra rằng cô không còn dùng thuốc từ lâu. Họ băng qua Manila để tìm cách giải quyết tình thế. Tuy nhiên, những kẻ thù không dễ dàng từ bỏ, họ vẫn am muốn truy lùng Cross và Shearing bằng mọi cách.