Bắt đầu câu chuyện, Shinichi Kudo, một học sinh trung học 17 tuổi, đã trở thành Conan Edogawa, một cậu bé trẻ tuổi. Shinichi, người được biết đến trong thế giới Thám tử lừng danh Conan là một thám tử tài năng trên trường. Trong một chuyến đi đến công viên "Miền Nhiệt đới" cùng với bạn gái từ thời thơ ấu, Ran Mori, cậu bị cuốn vào một vụ án mạng kinh hoàng trên chuyến tàu tốc hành trong công viên. Sau khi phá giải vụ án đó, trên đường trở về nhà, cậu chứng kiến một hoạt động tăm tối của một nhóm người lạ mặc áo đen. Kudo bị phát hiện, bị đánh bất tỉnh và ít sau đó bị tổ chức đen nấm lên một loại thuốc độc chưa từng thử nghiệm với tên gọi APTX4869 để tiêu diệt cậu, nhưng may mắn thay chất độc không làm cậu tử vong. Khi tỉnh dậy, cậu hoảng hốt phát hiện ra rằng cơ thể của mình đã bị thu nhỏ, biến đổi hoàn toàn thành hình dạng của một cậu bé học tiểu học.