Trên màn ảnh, đặc vụ FBI Fox Mulder đã bắt đầu cuộc điều tra tìm kiếm người em gái mất tích của mình tại "X-files", với niềm tin mạnh mẽ rằng em gái của anh đã bị bắt cóc bởi những sinh vật ngoài hành tinh. Mulder không ngừng tin vào sự tồn tại của thế giới ngoài trái đất, trong khi đồng đội của anh, đặc vụ Dana Scully, ban đầu hoàn toàn từ chối những ý kiến kỳ lạ của anh. Tuy nhiên, qua thời gian cùng những chứng cứ không thể phủ nhận, Scully dần dần chấp nhận sự thật kỳ diệu bên trong X-files. Câu chuyện không kết thúc ở đó, khi đến cuối phim, Fox Mulder trở nên ít xuất hiện hơn và một nhân vật mới, đặc vụ John Doggett, tiếp tục bước vào cuộc điều tra. Doggett ban đầu nghi ngờ và không tin vào những vụ án kỳ bí trong X-files, nhưng dần dần cũng phải thừa nhận sự thật khi Scully chứng minh sự đáng tin cậy của các vụ án và hiện tượng ma quỷ. Nhưng trong quá trình này, không phải Scully mà chính mình đã thức tỉnh trong John Doggett niềm tin vào sự vô cùng phức tạp của thế giới ngoài hành tinh và siêu nhiên.