Yami Yugi lần đầu tiên xuất hiện khi Yugi hoàn thành trò chơi ngàn năm. Bằng sự giúp đỡ của cậu, Yugi đã vượt qua nhiều thử thách khó khăn. Trong cuộc đối đầu với Bakura, Yugi nhận ra rằng Yami Yugi không chỉ là một nhân cách khác của mình mà còn là Pharaoh thứ hai của Ai Cập cổ đại, Atem. Sau khi đánh bại Yami Marik và có trong tay ba lá bài thần linh quan trọng, Yami Yugi bắt đầu hành trình tìm về quá khứ của mình. Thông qua những trận chiến đầy kịch tính, Yugi khám phá ra thân phận của mình là Pharaoh thứ 18 của Ai Cập 3000 năm trước. Trận đấu với The Thief Bakura và sát thủ diabolical diabound đã lột tả ra sức mạnh và bản lĩnh của Atem. Khi đến cuộc chiến nghi thức cuối cùng, Yami Yugi và Yugi phải đối mặt trong một trận đấu bài quyết định. Atem cuối cùng đã chấp nhận thất bại và rời bỏ thế giới này để tìm kiếm hòa bình và an nghỉ ở thế giới bên kia. Đằng sau những cuộc đối đầu đầy cam go và những nữa linh, những khám phá sâu thẳm và những quyết định đau lòng, Yami Yugi và Yugi đã cùng nhau vượt qua mọi thử thách và tìm ra sự tự do cho linh hồn của mình.