Một tiếng nổ vang lên, khiến mặt trăng bỗng mất đi 70% diện tích của mình, mọi người hoảng loạn khi biết rằng kẻ đứng sau sự kiện này chính là một sinh vật siêu năng lực, kẻ đã đặt mục tiêu phá hủy trái đất vào tháng 3 năm sau. Tuy nhiên, thay vì theo đuổi kế hoạch tàn ác đó, hắn quyết định trở thành một giáo viên tại trường cấp 2, ngay tại lớp học đặc biệt nhất - lớp E. Sứ mệnh phá hủy con quái vật ngoại hành này rơi vào vai những học sinh của lớp E, những cậu bé cô gái bình thường đối diện với thách thức lớn nhất đời mình. Dưới sự hướng dẫn của giáo viên lạ mặt, họ đã trải qua nhiều cuộc phiêu lưu, học hỏi từ những người bạn mới và từ đó tự tin hơn vào khả năng của mình. Câu chuyện về lớp End, nơi mà sự kết thúc và bắt đầu hội ngộ, nơi mà sự ám sát trở thành giải pháp cuối cùng để bảo vệ trái đất. Liệu những học sinh dũng cảm đó có thể hoàn thành nhiệm vụ khó khăn này, hay sẽ thất bại trước thế lực siêu năng lực của Koro-sensei? Chỉ có thời gian mới có thể trả lời điều này.