Thời kỳ Edo của đất nước mặt trời mọc, một người đàn ông bí ẩn bước ra từ bóng tối, đối diện trước samurai tài ba Katsura Kotarou, vẫy vung thanh kiếm huyền bí "Benizakura" để thách thức Katsura. Đêm đó, Katsura biến mất không dấu vết, còn thú cưng của anh là Elizabeth đã nhờ Kagura và Shinpachi săn tìm chủ nhân bí ẩn. Trong khi đó, Gintoki được giao nhiệm vụ tìm kiếm thanh kiếm Benizakura, vũ khí nguy hiểm đang gây hỗn loạn khắp nơi. Ba con đường dẫn đến một phi thuyền treo trên trời, nơi mà thế lực đen tối thống trị không chịu sự kiểm soát của cảnh sát. Tại đó, Gintoki tái ngộ các đồng đội cũ và đối thủ nay, Takasugi Shinsuke, người đang dẫn đầu đội quân quỷ với mục tiêu phá hủy Edo. Đứng trước nguy cơ lớn từ vũ khí Benizakura và bọn khủng bố tàn bạo, Gintoki phải đối mặt với sự chết chóc, liệu anh có thể thoát khỏi nguy cơ và cứu vãn Edo hay không?