Bí mật Quốc gia - Head Above Water là câu chuyện ly kỳ về Viện nghiên cứu và phát triển bí mật 301 đang tiến hành một cuộc thí nghiệm bí ẩn dưới đáy nước tại thành phố Tam Đảo. Sự bí mật đang được phơi bày khi thông tin bí mật liên tục bị rò rỉ ra bên ngoài. Vụ việc khiến Cục công an thành phố Tam Đảo phải can thiệp trong vòng 60 ngày để phá án. Hồng Thiếu Thu và Diệp Hàm, hai nhân viên tài năng của cục công an, đã hợp tác thành lập một tổ đặc biệt để tiến hành cuộc điều tra phức tạp này. Nhưng không dễ dàng gì khi họ phải đối đầu với nhiều khó khăn và thử thách không lường trước được. Mâu thuẫn giữa hai nhân vật chính cũng càng tô thêm tình huống căng thẳng. Tuy nhiên, qua những đấu trí và giữa những giọt nước mắt, Hồng Thiếu Thu và Diệp Hàm đã cùng nhau vượt qua mọi khó khăn, bắt được kẻ gian điệp và xóa tan mọi nghi ngờ. Cuối cùng, họ cũng thấu hiểu và tôn trọng lẫn nhau, tạo nên một tình đồng đội vững vàng.